波滅菌機主要是利用微波熱效應和生物效應相互作用，使食品中的微生物，同時受到多重作用，使其體內蛋白質和生理活動物質發生變異，而導致微生物體生長發育延緩和死亡，以達到食品滅菌、保鮮，從而延長保質期的目的。